根据征求意见稿，过去由环保部门“自收自管”的排污费征管模式，将改为“企业申报、税务征收、环保协同、信息共享”的环保税征管模式。有业内人士认为，这会导致监管成本上升。在新税制下，环保部门移交出去的只是****道的申报以及**后一道的征收，这两道手续本来工作量就不多，**重要、**繁杂的审定、核定环节依然留在环保部门了，两部门之间协调成本一下子增加很多。
环保部门要把自己的利益尾巴割掉。今后环保税就由税务部门独立征收，别再把环保部门扯进来了，因为这会使环保部门依然对应纳税额说了算，导致税费弹性依然存在，缺乏法律刚性。他建议，环保部只需监督企业依法申报排污数据，并与税务部门数据共享；日后如果发现数据异常，税务部门可以联合环保部门展开税收稽查。
国务院法制办在此前的一份关于环保税的说明文件中表示，为促使企业减少污染物排放，征求意见稿规定，对超标、超总量排放污染物的，加倍征收环保税。当应税额跟排放标准挂钩。本地一些印染企业达标排放状况不容乐观，由此导致被加倍征收排污费；随着“费改税”实施，20CrMnTi无缝管企业的负担还有可能进一步加重。